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顯微鏡：這是系統的核心，用于放大和觀察生物樣本。常見的顯微鏡類型包括光學顯微鏡、熒光顯微鏡、共聚焦顯微鏡、倒置顯微鏡、電子顯微鏡等。每種顯微鏡都有其特定的應用領域和優勢，例如光學顯微鏡適用于觀察細胞結構，電子顯微鏡則適用于觀察納米級別的結構。
圖像采集設備：包括ＣＣＤ（電荷耦合器件）相機、ＣＭＯＳ（互補金屬氧化物半導體）相機等，用于捕捉顯微鏡下的圖像。這些設備通常需要高靈敏度和高分辨率，以確保能夠清晰地捕獲樣本的細節。
圖像處理軟件：用于處理、分析和解釋采集到的圖像。這些軟件通常包含一系列功能，如圖像增強、去噪、分割、標記、測量、特征提取、模式識別等。常見的圖像處理軟件有ＩｍａｇｅＪ、ＭＡＴＬＡＢ、Ｐｙｔｈｏｎ的ＯｐｅｎＣＶ庫等。
輔助設備：包括樣本制備工具、樣本裝載和卸載系統、溫度控制裝置、自動對焦和自動曝光系統等，以提高實驗的效率和準確性。例如，自動對焦系統可以確保在不同放大倍數下圖像的清晰度，而自動曝光系統則可以適應不同光源條件。
計算機系統：用于運行圖像處理軟件和存儲大量數據。通常需要高性能的處理器、大量的內存、高速硬盤或固態硬盤，以及足夠的存儲空間來保存大量的圖像數據。
數據管理系統：用于組織、存儲和管理圖像數據，以及分析結果。這些系統可能包括數據庫軟件、數據挖掘工具、機器學習算法等，以支持數據的長期保存和高效檢索。
用戶界面：提供直觀的控制和交互方式，使用戶能夠輕松地操作系統，設置參數，以及查看和分析圖像。
網絡和遠程訪問：允許用戶通過互聯網或局域網訪問系統，進行遠程操作、數據共享和協作分析。
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