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由于新生兒呼吸器官的結構和功能均不成熟，而且呼吸系統需經歷適應性變化，肺部發育不成熟，肺泡缺乏表面活性劑無法擴張，形成肺不張，容易造成呼吸困難。這就是新生兒“呼吸窘迫綜合征”。為了改善患兒體內低氧飽和度狀態，必須及時進行呼吸機輔助通氣，積極配合其他治療措施。
新生兒呼吸機能夠控制改善新生兒的生理呼吸，增加嬰兒的肺通氣量，幫助無法自主呼吸的嬰兒進行呼吸避免窒息產生死亡。并能增強嬰兒的心臟功能，減少呼吸做功消耗能量，幫助嬰兒節約心臟儲能。
呼吸機通過呼吸囊或者風箱做功，將新鮮氣體輸送至嬰兒的肺泡里，新生兒呼吸機必須具備四個基本功能：即向肺充氣、吸氣向呼氣轉換，排出肺泡氣以及呼氣向吸氣轉換，依次循環往復。因此新生兒呼吸機必須有：提供輸送氣體的動力，代替人體呼吸肌的工作；能產生一定的呼吸節律，包括呼吸頻率和吸呼比，以代替人體呼吸中樞神經支配呼吸節律的功能；能提供合適的潮氣量或分鐘通氣量，以滿足呼吸代謝的需要。
新生兒呼吸機供給的氣體已經加溫和濕化，不會造成幼兒呼吸道干燥。相較于空氣呼吸機提供的氣體含有更高的氧氣，能夠有效改善患兒缺氧癥狀。醫生會根據患兒自身呼吸的強弱調整參數，經過治療患兒自主呼吸會逐漸恢復正常，擺脫對呼吸機的依賴。一般而言，呼吸機的佩戴需要維持到嬰兒能夠完全自主呼吸之后才可以去除。
新生兒呼吸機的作用：
１、治療通氣不足
適用于嚴重通氣不足情況的患兒：若新生兒由于肺部感染、氣道梗阻、中樞感染、嚴重腦水腫或呼吸機麻痹引起通氣不足的。
２、改善換氣功能
適用于嚴重換氣障礙情況的患兒：若新生兒疑患有呼吸窘迫綜合癥、肺出血、肺水腫等情況使得換氣功能發生障礙的。使用呼吸機進行治療，改善新生兒呼吸，減少新生兒肺部做功，便于新生兒肺功能完善。
３、增加心臟儲備能力
適用于做了胸部和心臟術后的新生兒。通過新生兒呼吸機可以減少肺擴張、心臟壓迫的發生，有效增加心臟儲備能力。
４、爭取黃金治療時間
適用于有反復呼吸暫停情況的患兒。因各種原因導致的新生兒心跳呼吸驟停，如窒息、心室顫動等，經心肺復蘇處理后配合呼吸機機械通氣可爭取黃金時間，盡早及時治療使得新生兒盡快恢復自主呼吸。
新生兒呼吸機的研發及使用使得新生兒呼吸衰竭發病率大大減少。使用呼吸機的目的可以代替自主呼吸，緩解呼吸衰竭。一般情況下，任何呼吸機的使用，只是一種吸氧的方式，給寶寶肺部一個壓力，防止造成肺泡萎縮，可以緩解寶寶病情，對于后期的發育是沒有影響的。
