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中國真正的ＨＩＳ系統出現在２０世紀９０年代。經過３０年的發展，ＨＩＳ系統已經從一個綜合性的信息系統轉變為醫院基礎信息系統，其在醫院信息化中的基礎地位更加突出。
與上一階段相比，現階段醫院對ＨＩＳ系統的需求發生了重大變化：ＨＩＳ業務流程已從半手動和半自動化發展到全流程數字化。早期的ＨＩＳ主要側重于交易處理，但現在它的目標是實現更智能的操作。在早期，ＨＩＳ以業務為中心，但現在它已經轉向業務和數據。早期的ＨＩＳ是一種集成和封閉的設計，但現在ＨＩＳ在設計中需要更多地考慮集成和協調問題。在早期，ＨＩＳ系統只服務于一家醫院，但現在它必須擴展到多個醫院區域。
他就像一個正在成長的孩子，努力脫下過去的衣服。＂用一個生動的比喻來解釋：在逐步發展和演變的過程中，ＨＩＳ系統在功能劃分、數據結構、內部信息流、技術架構等方面表現出許多不兼容的方面。具體來說，有五個問題。
首先，存在系統碎片化。由于早期ＨＩＳ系統功能不完善，醫生工作站引入了大量的第三方軟件，如ＥＭＲ、ＣＤＲ、３６０視圖、移動護士站、ＣＤＳＳ等，將原本緊密耦合的系統變成了松耦合或插件，限制了系統功能的發展，影響了用戶體驗。主要體現在界面集成度差，醫生在使用過程中需要反復切換，影響用戶體驗。智能輔助應用程序難以實時響應。插件系統只能間接訪問電子病歷數據，這限制了深度智能的發展。每個系統都有自己的數據，這些數據是重復的、分散的，并且具有很高的不一致風險。
其次，對系統功能的抽象不足。一些應用系統是獨立開發的。由于在早期階段對應用系統的業務和抽象缺乏了解，類似功能模塊的可重用性不高。這種低級的重復＂造輪子＂操作不僅影響用戶體驗，還增加了開發工作量。例如，住院醫生站和門診醫生站的許多功能相似，但不能重復使用。
還缺乏一個完整的數據中心。早期ＨＩＳ系統的數據架構以事務為中心，缺乏以患者為中心的信息集成。例如，在一些醫院，患者的門診和住院病歷相互獨立，甚至缺乏主要指標。此外，隨著醫院數據的積累，有必要卸載歷史數據以保持系統性能。由于缺乏長期的數據管理機制，它無法支持以患者為中心的未來發展需求。
此外，該系統并不開放。許多系統在建設過程中沒有遵循相關標準，甚至沒有開放的接口。是一個＂笨系統＂，＂系統一體化困難＂的問題突出。此外，各種系統之間缺乏統一的業務協作協議，醫院需要根據預期的流程定制每個系統。集成平臺的推出給醫院帶來了很高的期望，但實際上并沒有減少集成的工作量。
最后，該系統缺乏可擴展性。目前，應用規模的擴大和多校區的建設都希望ＨＩＳ系統能夠橫向擴展，但在傳統架構下，橫向擴展很困難。主要原因是負責事務處理的后端數據庫服務器對數據庫系統有很強的依賴性，傳統的關系數據庫難以向外擴展。因此，數據庫服務器往往成為整個系統的性能瓶頸。
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